Tháng 8 năm 1654, học giả nổi tiếng đời Thanh là Đàm Thiên Tăng tới thăm viếng Tư lăng. Năm 1659, Tư lăng lại có thay đổi. Vốn khi xây, bia mộ ghi miếu hiệu là Hoài Tông, nhưng theo lễ thì triều vua sau đối với vua triều trước không đặt miếu hiệu mà chỉ đặt thụy hiệu[8], nên chỉ đặt thụy hiệu cho Sùng Trinh là Trang Liệt Mẫn hoàng đế và thay bia "Hoài Tông" bằng bia "Trang Liệt Mẫn hoàng đế".

Thời Thanh Cao Tông (Càn Long), Tư lăng được tu sửa 2 lần và có nhiều thay đổi. Năm 1745, Tả thị lang Tiền Trần Quần đi tế ở Tư lăng, phát hiện thấy một số nơi bị sụt lở bèn tâu xin Càn Long cho sang sửa. Càn Long chấp thuận, giao cho Tổng đốc Trực Lệ là Na Tô Đồ thực hiện trùng tu.

Năm 1785, Tư lăng được tu sửa lần nữa trong đợt sửa sang cho tất cả 13 lăng mộ các vua nhà Minh.

Dù được triều đình nhà Thanh chính thức đặt tên là Tư lăng nhưng một số phần tử trí thức còn nhớ nhà Minh vẫn cự tuyệt gọi đây là "lăng" mà gọi là "Toản cung" và coi đó là cái nhục của nhà Minh chưa được rửa sạch[7].